Henrique Capriles, principal líder opositor en ese entonces, a través de las diferentes instancias gubernamentales y organismos de justicia internos, denunció múltiples irregularidades en el proceso. No obstante, sus alegatos fueron desestimados por un sistema judicial sometido al control del régimen, dejándolo sin alternativas efectivas dentro del país que le permitieran defender sus derechos.

El aspecto más controvertido es la disposición que indica que, si las reformas no son implementadas, el Perú evaluará su permanencia en el Pacto de San José, tratado que protege los derechos humanos en la región y otorga competencia vinculante a la Corte IDH.

El ejercicio de las actividades de inteligencia a cargo de los organismos del Estado, dados los medios empleados y su incidencia en la obtención y utilización de información, incluidos datos personales, supone una injerencia en la esfera de derechos de las personas, en particular del derecho a la vida privada.

Se ha reiterado el carácter permanente de los actos constitutivos de desaparición forzada mientras no se conozca el paradero de la víctima o se hallen sus restos, así como la naturaleza pluriofensiva que sus consecuencias acarrean a distintos derechos reconocidos en la Convención Americana.

Según la parte peticionaria, Artola Navarrete, médico cirujano plástico y líder sindical, sufrió graves afectaciones a su salud física y mental como consecuencia de la obstrucción a su labor gremial.

La Comisión concluyó que la destitución no estuvo debidamente fundamentada, ya que se basó en la decisión de Moliné O’Connor en el caso «Meller S.A.», sin que se presentara ningún argumento que explicara por qué dicha decisión constituía una falta grave. Además, consideró que el proceso de juicio político no respetó las garantías básicas de un juicio justo, especialmente en cuanto a la imparcialidad de las autoridades que participaron en la decisión.

Se propuso la modificación del Código Penal e incluir sanciones como la cadena perpetua y pena capital ante el incremento de la inseguridad y el temor de la ciudadana.

Santos Sebastián Flores Castillo denunció en 2005 que el presidente de Nicaragua, Daniel Ortega, había iniciado una relación con su hermana de 15 años, con quien habría tenido una hija. Tras estas denuncias, Flores Castillo y su familia sufrieron persecución del Estado.

En noviembre de 2005, Rosa Angela Martino, diagnosticada con Alzheimer, fue internada en el Instituto Geriátrico Ayelén. Sin embargo, la hija, María Cristina González, decidió retirar a su madre alegando que sufrió abandono y desatención, lo que resultó en desnutrición, deshidratación, anemia e infección urinaria.

El 21 de abril de 2018, durante una manifestación en Bluefields, el periodista Ángel Gahona López cubría los enfrentamientos entre manifestantes y la policía cuando fue alcanzado por un disparo. Aunque fue auxiliado por civiles, testigos aseguran que la Policía Nacional no le brindó asistencia, y Gahona falleció poco después en el hospital.